Ondanks dat de Braun MultiQuick 3 Vario MQ3125B veel te bieden heeft, zijn er ook enkele nadelen die het waard zijn om te benoemen. Allereerst valt op dat het apparaat geen geïntegreerde snoeropslag heeft, waardoor het opbergen van het snoer in de keuken soms wat minder overzichtelijk kan zijn. Dit is vooral een aandachtspunt in kleinere keukens waar ruimte beperkt is.
Daarnaast ontbreekt de mogelijkheid om ijs te crushen. Voor mensen die regelmatig drankjes zoals smoothies met ijs maken, kan dit een beperking zijn. Hoewel de staafmixer krachtig is, is deze functie niet ingebouwd, waardoor je wellicht een extra apparaat nodig hebt voor die klus.
Een ander minpunt is dat er geen ingebouwd display aanwezig is. Hierdoor kun je niet exact aflezen welke snelheid er ingesteld staat, wat meer gericht afstemmen bij sommige taken wat lastiger maakt. De draaiknop en knoppen bedienen het apparaat wel degelijk eenvoudig, maar een visuele bevestiging ontbreekt.
Ook kan de mengkom met 0,6 liter inhoud voor grotere gezinnen of wanneer je veel in één keer wilt bereiden soms wat klein aanvoelen. Hoewel het voor de meeste huishoudens voldoende is, kan het zijn dat je bij grotere hoeveelheden vaker moet mengen in porties.